Tháng 9 năm 1426, sau khi tổng binh tại Giao Chỉ (Việt Nam ngày nay) là Phong Thành hầu Lý Bân chết, Vương Thông được phong làm tổng binh (cùng Mã Anh làm tham tướng) sang thay các tham tướng Vinh Xương bá Trần Trí và đô đốc Phương Chính để chỉ huy quân Minh tại Giao Chỉ. Vương Thông mang 5 vạn quân sang, hợp với số quân Minh có sẵn ở Giao Chỉ, thành 10 vạn quân, rồi chia làm 3 đạo đi đánh nghĩa quân Lam Sơn do Bình Định vương chỉ huy, nhưng việc bị Mã Anh làm hỏng, bèn gộp 3 đạo lại thành 1 đạo. Vương Thông phục binh đánh được tướng Lam Sơn là Lý Triện, khiến Triện thua chạy về Cao Bộ (Chương Đức). Lý Triện gọi Đinh Lễ và Nguyễn Xí đưa quân tới cứu. Vương Thông đến đóng ở Ninh Kiều rồi tiến đánh Cao Bộ, nhưng mắc phải phục binh của Đinh Lễ, Nguyễn Xí và Lý Triện ở Tốt Động và Chúc Động. Quân Minh thua to, mất tới 2, 3 vạn quân, tán quân vụ Trần Hiệp và nội quan Lý Lượng bị tử trận, chính Vương Thông cũng bị thương.[1] Vương Thông phải rút về thành Đông Quan phòng thủ.

Vương Thông bị vây riết trong thành bèn xin hòa với Lê Lợi, nói nếu Lê Lợi lập con cháu nhà Trần thì sẽ bãi binh về nước. Lê Lợi hứa làm theo. Hai bên đã định ngày Vương Thông về nước thì Trần Phong và Lương Nhữ Hốt kể chuyện Ô Mã Nhi ngày xưa bị giết để can[3]. Vương Thông sợ, phái người về nước dâng thư xin vua Minh cử viện binh sang. Lê Lợi bắt được người đưa thư, bèn bỏ hòa ước đánh tiếp.

Năm 1427, Lê Lợi vây đánh thành Đông Quan. Tháng 3, Vương Thông tiến ra đánh Lê Nguyễn ở Tây Phù Liệt (Thanh Trì). Lê Lợi sai Đinh Lễ và Nguyễn Xí đem quân đi cứu. Đinh Lễ đuổi đánh quân Minh tới My Động, Vương Thông tới đây thấy quân Lam Sơn bèn quay lại đánh, bắt được Đinh Lễ rồi đem giết[4].

Tháng 9 năm 1427, viện binh quân Minh chia làm 2 đạo do Liễu Thăng và Mộc Thạnh chỉ huy tới Đại Việt. Đạo của Liễu Thăng bị đánh tan trong trận Chi Lăng - Xương Giang. Đạo của Mộc Thạnh bị đánh bại dưới tay Trịnh Khả và Phạm Văn Xảo.[cần dẫn nguồn] Vương Thông biết viện binh bị diệt đành lại xin hòa, cùng Lê Lợi ăn thề vào tháng 11, hẹn ngày rút về.